现在他已经基本弄清楚了陕西的困难和问题。
一是，陕西连年天灾不断，兵荒马乱，青壮纷纷加入盗匪贼寇之中，财政收入锐减。
二是，连年的剿贼，使得军费大副增加，存留陕西可用的钱粮入不敷出，支出沉重，已经不堪重负，只是苦苦支撑而已。
粮饷不继，军兵拖欠粮饷严重，使得军心不稳，战斗力低下，久久不能剿贼。还随时可能爆发兵变兵哗之事。
三是，卫所军制败坏，军屯屯田土地被大量侵吞，军屯籽粒大量流入私人，军屯收入减少，军士困苦不堪，卫所军士大批逃亡，部分成为流贼的骨干。
致使陕西形势愈加颓坏。
四是，土地兼并严重，地方累年积欠严重，多为豪右士绅和皇族宗亲之人。
此为陕西当前四大弊也。
该如何解决破局呢？
这些积弊历任陕西巡抚不知道么？不，当然知道。
能当一地巡抚的，都不是蠢人。
孙传庭自带招募三千标兵入秦。
已有自保之力。
他想了想，首先应当整肃吏治，安抚地方。
他认为，“剿寇必先安民，安民必先治吏。”
察吏安民是稳定地方的根本。
孙传庭随即行动起来，和巡按一起发榜告示广而告之，再三严切各级官府谕戒道，“下谕各级官府官署官吏，凡问刑词讼，不许滥赎加罚；征收钱粮，不许勒收漾耗；日用买办，不许亏累行户；”
很快就整肃了一大批不作为、侵占税粮、横行乡里的贪官污吏。